El Santuario, fundado en el siglo XIV. tiene como antecedente la leyenda que se cuenta acontecida en el hecho histórico de la batalla de Pagana de 1339. Donde los soldados cristianos que lucharían contra las tropas musulmanas acamparon en el terreno actual del Santuario y descubrieron un crucifijo antes de dar comienzo la batalla, tras la cual los cristianos victoriosos encontraron sobre la cruz el lema Sanctus, Sanctus, Sanctus tras encomendarse al Dios (Que es Padre, Hijo y Espíritu Santo).
Posteriormente se coloca en el lugar de los hechos una Cruz en lo que se llamaría el Humilladero, comenzando así el fenómeno religioso en el lugar.
Con el paso del tiempo este acontecimiento dio lugar a la ejecución de una ermita en la que se le daría culto a la milagrosa imagen de la Santísima Virgen De los Santos.
Los primeros indicios escritos conocidos hasta la fecha del culto a la Virgen De los Santos se remontan a 1507. Y en el mismo siglo encontramos en 1560 escritos sobre las tareas del adecentamiento del terreno donde se comenzaría a construir el Santuario.
En 1753 el cabildo municipal inicia los tramites de solicitud del patronazgo de la Santísima Virgen sobre Alcalá de los Gazules. Pero no es hasta 1877 cuando tras la solicitud del cabildo eclesiástico alcalaino, encabezando dicha solicitud de su arcipreste y distintos presbíteros de la época dada la gran devoción que el pueblo de Alcalá profesaba a la Virgen De los Santos
El Exvoto es cuadro en acción de gracias representando los acontecimientos milagrosos: Cura de enfermedades, caídas, percances en el campo con caballos, etc. y la milagrosa solución del problema que representa el cuadro.
En el Santuario de Nuestra Señora De los Santos se puede encontrar la colección mas numerosa de exvotos de Andalucía y posiblemente de España.
El exvoto más antiguo que se conserva en la ermita —de cuantos están fechados—es de 1756 y recoge la milagrosa salvación de un caballero con un rebaño de carneros durante un maremoto desatado por el célebre terremoto de Lisboa de 1755: "Caminando Fernando Muñoz para Cádiz el día de todos los santos, quando el terremoto que hubo salieron las aguas del mar y taparon el camino por donde yba dicho comando [¿Fernando?] (…) Y viendose lla perdido y que las aguas, montaron porsima del y de los carneros y que se agogaba sin remedio; ynbocó â Mª Sma. de los Santos de Alcala de los Gansules".
Hermanos mayores en la Historia de la Hermandad:
1927: Julio Toscano y Delgado de Mendoza.
1948 - 1958: Antonio Visglerio Sánchez.
1958 - 1962: Pedro García Mariscal.
1962 - 1974: Pedro Mariscal Recio.
1974 - 1987: Juan Romero Herrera.
1987 - 1991: Francisco Dominguez García.
1991 - 2007: Julio Toscano Montes de Oca.
2007 - 2015: Antonio Manuel Mansilla Romero.
2015 - 2020: Arsenio Jesús Cordero Dominguez.
2020 - 2023: Antonio Manuel Mansilla Romero.
Nuestros mayores conocen cuando a la actual Romería se le conocía como el Jubileo. El recién llegado Párroco de la de San Jorge, Rvdo. D. Manuel Reverendo Saborizo propone a la junta de gobierno en fecha del 8 de febrero de 1966 lo siguiente: "Que se establezca definitivamente que la celebración del jubileo tenga lugar el Domingo más próximo al día 12 de septiembre, Festividad de Nuestra Señora, con el fin de que puedan concurrir el mayor número posible de personas. La junta aprueba provisionalmente dicha propuesta, señalando la necesidad de someterla a la junta general por implicar la reforma del articulo 33 de los estatutos" Es por tanto que llevado este punto a la Junta General extraordinaria del 5 de junio de 1966, es aprobado por todos los asistentes salvo por un hermano que votó en contra. Es entonces en el año 1966 cuando en el libro de actas desaparece el término Jubileo para sustituir en este caso sin mencionar al anterior, por Romería.